ข้ามไปเนื้อหา

RacCS203

จากวิกิพีเดีย สารานุกรมเสรี
RacCS203
การจำแนกชนิดไวรัส แก้ไขการจำแนกนี้
(unranked): ไวรัส
Virus
Realm: Riboviria
อาณาจักร: Orthornavirae
ไฟลัม: Pisuviricota
ชั้น: Pisoniviricetes
อันดับ: Nidovirales
วงศ์: Coronaviridae
สกุล: Betacoronavirus
สกุลย่อย: Sarbecovirus
สปีชีส์: Severe acute respiratory syndrome–related coronavirus

RacCS203 เป็นสายพันธุ์ของไวรัสโคโรนาที่เกี่ยวข้องกับกลุ่มอาการทางเดินหายใจเฉียบพลันรุนแรงซึ่งได้มาจากค้างคาว โดยรวบรวมได้จากค้างคาวมงกุฎยอดสั้นใหญ่ (อังกฤษ: Acuminate Horseshoe Bat) จากแหล่งต่าง ๆ ในประเทศไทย มีพันธุกรรมคล้ายคลึงกับสายพันธุ์ SARS-CoV-2 91.5% และเกี่ยวข้องกับสายพันธุ์ RmYN02 มากที่สุด โปรตีนหนาม (spike) ของมันสัมพันธ์อย่างใกล้ชิดกับโปรตีนหนามของ RmYN02 ซึ่งทั้งสองมีความแตกต่างอย่างมากจากโปรตีนหนามของ SARS-CoV-2[1][2]

วิวัฒนาการชาติพันธุ์

[แก้]

ต้นไม้สายวิวัฒนาการ

[แก้]

ต้นไม้สายวิวัฒนาการจัดเรียงบนพื้นฐานของลำดับจีโนมทั้งหมดของสายพันธุ์ SARS-CoV-2 และไวรัสโคโรนาที่เกี่ยวข้องคือ:[3][4][5]

SARS-CoV-2 related coronavirus

Rc-o319, 81% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus cornutus, อิวาเตะ, ญี่ปุ่น[6]

SL-ZXC21, 88% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus pusillus, โจวชาน, เจ้อเจียง, จีน[7]

SL-ZC45, 88% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus pusillus, โจวชาน, เจ้อเจียง, จีน[7]

Pangolin SARSr-COV-GX, 89% เหมือนกับ SARS-COV-2, Manis javanica, ลักลอบค้าสัตว์ป่าในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้[8]

Pangolin SARSr-COV-GD, 91% เหมือนกับ SARS-COV-2, Manis javanica, ลักลอบค้าสัตว์ป่าในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้[9]

RshSTT182, 92.6% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus shameli, สตึงแตรง, กัมพูชา[5]

RshSTT200, 92.6% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus shameli, สตึงแตรง, กัมพูชา[5]

RacCS203, 91.5% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus acuminatus, ฉะเชิงเทรา, ไทย[4]

RmYN02, 93.3% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus malayanus เมืองล้า, ยูนนาน, จีน[10]

RpYN06, 94.4% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus pusillus, สิบสองปันนา, ยูนนาน, จีน[3]

SARS-CoV-1, 79% เหมือนกับ SARS-COV-2

การเปรียบเทียบจีโนม

[แก้]
SARS-CoV-2 เปรียบเทียบกับสายพันธุ์ SARSr-CoV อื่น (โดย % นิวคลิโอไทด์)[11]
สายพันธุ์ ลำดับเบสทั้งจีโนม ORF1ab S RBM ORF3a E M ORF6 ORF7a ORF7b ORF8 N ORF10
RaTG13 96.10% 96.50% 92.30% 86.30% 96.30% 99.60% 95.50% 98.40% 95.60% 99.20% 97.00% 96.90% 99.20%
RmYN02 93.60% 97.10% 72.50% 61.90% 96.40% 98.70% 94.80% 96.80% 96.20% 91.00% 48.70% 97.30% 99.20%
RacCS203 91.50% 94.30% 71.30% 61.60% 91.90% 99.10% 94.60% 96.20% 92.40% 93.90% 91.60% 93.20% 99.20%
GD/1/2019 90.20% 90.20% 83.70% 86.90% 93.20% 99.10% 93.30% 95.70% 93.40% 91.70% 92.10% 96.20% 99.20%
SL-ZC45 87.70% 89.00% 75.50% 62.50% 87.80% 98.70% 93.40% 94.60% 88.80% 94.70% 88.50% 91.10% 99.20%
SL-ZXC21 87.50% 88.70% 74.90% 61.60% 88.90% 98.70% 93.40% 94.60% 89.10% 95.50% 88.50% 91.20% 99.20%
GX-P4L 85.40% 84.80% 83.60% 80.00% 86.80% 97.40% 91.30% 90.90% 86.60% 83.50% 81.30% 91.00% 88.90%
GX-P5L 85.20% 84.60% 83.30% 79.90% 87.00% 97.40% 91.30% 90.90% 86.40% 83.50% 80.70% 91.00% 94.00%
SARS-CoV 79.30% 79.70% 72.30% 71.90% 75.30% 93.50% 85.50% 75.50% 82.10% 83.80% 45.80% 88.20% 93.20%
Rc-o319 79.20% 79.80% 72.20% 70.10% 83.30% 97.40% 86.60% 86.60% 78.40% 77.30% 52.30% 88.30% 94.90%
SARS-CoV-2 เปรียบเทียบกับสายพันธุ์ SARSr-CoV อื่น (โดย % กรดอะมิโน)[11]
สายพันธุ์ ลำดับเบสทั้งจีโนม ORF1ab S RBM ORF3a E M ORF6 ORF7a ORF7b ORF8 N ORF10
RaTG13 98.50% 97.30% 90.10% 97.80% 100.00% 99.60% 100.00% 97.50% 97.70% 95.00% 99.10% 97.40%
RmYN02 98.80% 72.40% 63.20% 96.70% 100.00% 98.70% 96.70% 95.90% 83.70% 28.20% 98.60% 97.40%
RacCS203 97.30% 72.30% 63.70% 97.50% 100.00% 99.10% 98.40% 95.90% 93.00% 94.20% 95.70% -
GD/1/2019 96.70% 90.00% 96.90% 97.10% 100.00% 98.70% 96.70% 97.50% 95.40% 95.00% 97.90% 97.40%
SL-ZC45 95.60% 80.20% 65.90% 90.90% 100.00% 98.70% 93.40% 87.60% 93.00% 94.20% 94.30% 97.40%
SL-ZXC21 95.20% 79.70% 65.90% 92.00% 100.00% 98.70% 93.40% 88.40% 93.00% 94.20% 94.30% -
GX-P4L 92.50% 92.30% 86.60% 89.50% 100.00% 98.20% 95.10% 88.40% - 87.60% 93.60% 73.70%
GX-P5L 92.50% 92.40% 86.60% 89.80% 100.00% 98.20% 95.10% 88.40% 72.10% 87.60% 93.80% 84.20%
SARS-CoV 86.10% 75.80% 73.10% 72.40% 94.70% 90.50% 67.20% 85.30% 81.40% - 90.50% 81.60%
Rc-o319 87.60% 76.20% 73.50% 87.00% 98.70% 91.00% 83.60% 73.80% 69.80% 26.80% 89.50% 86.80%

ดูเพิ่ม

[แก้]
  • RaTG13, 96.2% คล้ายคลึงกับ SARS-COV-2
  • RmYN02, 93.3% คล้ายคลึงกับ SARS-COV-2

อ้างอิง

[แก้]
  1. ↑ Wacharapluesadee, S; Tan, CW; Maneeorn, P; Duengkae, P; Zhu, F; Joyjinda, Y; Kaewpom, T; Chia, WN; Ampoot, W; Lim, BL; Worachotsueptrakun, K; Chen, VC; Sirichan, N; Ruchisrisarod, C; Rodpan, A; Noradechanon, K; Phaichana, T; Jantarat, N; Thongnumchaima, B; Tu, C; Crameri, G; Stokes, MM; Hemachudha, T; Wang, LF (9 February 2021). "Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia". Nature Communications. 12 (1): 972. doi:10.1038/s41467-021-21240-1. PMC 7873279. PMID 33563978.
  2. ↑ "Coronavirus: Bat scientists find new evidence". BBC News. 10 February 2021.
  3. 1 2 Zhou H, Ji J, Chen X, Bi Y, Li J, Wang Q, และคณะ (June 2021). "Identification of novel bat coronaviruses sheds light on the evolutionary origins of SARS-CoV-2 and related viruses". Cell: S0092867421007091. doi:10.1016/j.cell.2021.06.008. PMID 34147139.
  4. 1 2 Wacharapluesadee S, Tan CW, Maneeorn P, Duengkae P, Zhu F, Joyjinda Y, และคณะ (February 2021). "Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia". Nature Communications. 12 (1): 972. doi:10.1038/s41467-021-21240-1. PMC 7873279. PMID 33563978.
  5. 1 2 3 Hul V, Delaune D, Karlsson EA, Hassanin A, Tey PO, Baidaliuk A, และคณะ (26 January 2021). "A novel SARS-CoV-2 related coronavirus in bats from Cambodia". bioRxiv (ภาษาอังกฤษ). pp. 2021.01.26.428212. doi:10.1101/2021.01.26.428212.
  6. ↑ Murakami S, Kitamura T, Suzuki J, Sato R, Aoi T, Fujii M, และคณะ (December 2020). "Detection and Characterization of Bat Sarbecovirus Phylogenetically Related to SARS-CoV-2, Japan". Emerging Infectious Diseases. 26 (12): 3025–3029. doi:10.3201/eid2612.203386. PMC 7706965. PMID 33219796.
  7. 1 2 Zhou H, Chen X, Hu T, Li J, Song H, Liu Y, และคณะ (June 2020). "A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein". Current Biology. 30 (11): 2196–2203.e3. doi:10.1016/j.cub.2020.05.023. PMID 32416074.
  8. ↑ Lam TT, Jia N, Zhang YW, Shum MH, Jiang JF, Zhu HC, และคณะ (July 2020). "Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins". Nature. 583 (7815): 282–285. doi:10.1038/s41586-020-2169-0. PMID 32218527.
  9. ↑ Liu P, Jiang JZ, Wan XF, Hua Y, Li L, Zhou J, และคณะ (May 2020). "Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (SARS-CoV-2)?". PLoS Pathogens. 16 (5): e1008421. doi:10.1371/journal.ppat.1008421. PMID 32407364.
  10. ↑ Zhou H, Chen X, Hu T, Li J, Song H, Liu Y, และคณะ (June 2020). "A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein". Current Biology. 30 (11): 2196–2203.e3. doi:10.1016/j.cub.2020.05.023. PMID 32416074.
  11. 1 2 Wacharapluesadee, Supaporn; Tan, Chee Wah; Maneeorn, Patarapol; Duengkae, Prateep; Zhu, Feng; Joyjinda, Yutthana; Kaewpom, Thongchai; Chia, Wan Ni; Ampoot, Weenassarin; Lim, Beng Lee; Worachotsueptrakun, Kanthita (2021-02-09). "Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia". Nature Communications (ภาษาอังกฤษ). 12 (1): 972. doi:10.1038/s41467-021-21240-1. ISSN 2041-1723. PMC 7873279.


เข้าถึงจาก "https://th.wikipedia.org/w/index.php?title=RacCS203&oldid=11900188"