กลุ่มอาการไอเซนเมนเกอร์ (อังกฤษ: Eisenmenger's syndrome) คือภาวะซึ่งเกิดจากการที่ภาวะทางเชื่อมจากซ้ายไปขวาที่เกิดจากโรคหัวใจพิการแต่กำเนิดทำให้เกิดการไหลของเลือดไปยังหลอดเลือดของปอดมากจนทำให้มีความดันหลอดเลือดพัลโมนารีสูง ซึ่งทำให้มีความดันของเลือดในฝั่งขวาของหัวใจมากขึ้น จนทำให้การไหลของเลือดผ่านทางเชื่อมนั้นเปลี่ยนไปกลายเป็นทางเชื่อมจากขวาไปซ้าย โรคหัวใจพิการแต่กำเนิดชนิดเขียวที่พบบ่อยที่สุดในผู้ใหญ่คือภาวะไอเซนเมนเกอร์และเตตราโลจีออฟฟาลโลต์ คำว่ากลุ่มอาการไอเซนเมนเกอร์นี้ใช้ในความหมายที่ต้องประกอบด้วยความผิดปกติทั้งระบบไหลเวียนพัลโมนารีและระบบไหลเวียนทั่วร่าง โดยต้องมีโรคหลอดเลือดพัลโมนารีและมีภาวะเขียวด้วย